Große und mittelgroße GmbH müssen den Jahresabschluss prüfen lassen. Die Gesellschafter der prüfungspflichtigen GmbH wählen dazu einen Abschlussprüfer. Durch den Gesellschaftsvertrag der GmbH kann bestimmt werden, dass der Abschlussprüfer von einem anderen Organ (Beirat) gewählt wird. Der Prüfer muss vor Ablauf des Geschäftsjahres gewählt werden, für das er prüfend tätig wird. Hat der Abschlussprüfer den Prüfungsauftrag angenommen, kann er dieser nur noch aus wichtigem Grunde zu kündigen. Dabei gelten Meinungsverschiedenheiten über den Inhalt des Bestätigungsvermerkes oder eine generelle Versagung des Vermerks nicht als wichtiger Grund.
Abschlussprüfer der großen GmbH müssen Wirtschaftsprüfer oder WP-Gesellschaften sein, Prüfer der mittelgroßen GmbH können auch vereidigte Buchprüfer bzw. Buchprüfungsgesellschaften sein. Nicht zum Abschlussprüfer gewählt bzw. bestellt werden kann der Wirtschaftsprüfer oder Buchprüfer, – der selbst Anteile an der GmbH besitzt; – der Vertreter oder Arbeitnehmer der GmbH ist oder in den letzten drei Jahren war; – der Vertreter oder Arbeitnehmer in einem verbundenen Unternehmen ist oder an diesem beteiligt ist, – der Arbeitnehmer eines Unternehmens ist, an dem die zu prüfende GmbH mit 20% beteiligt ist; – der bei der Führung der Bücher oder bei Aufstellung des Jahresabschlusses der GmbH mitgewirkt hat; – der Vertreter eines Unternehmens ist, das bei der Führung der Bücher und der Aufstellung des Jahresabschlusses mitgewirkt hat; – der bei der Prüfung eine Person beschäftigt, die die oben aufgeführten Eigenschaften besitzt; – der in den letzten 5 Jahren über die Hälfte seiner Gesamteinnahmen aus dieser Prüfungstätigkeit bezogen hat.
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