Gewinnausschüttungen der GmbH an die Gesellschafter wurden ab 2001 bis zur Einbführung der Abgeltungssteuer zum 1.1.2009 nach dem sog. Halbeinkünfteverfahren besteuert. Das Halbeinkünfteverfahren ersetzt das sog. Anrechnungsverfahren. Ist der Gesellschafter eine natürliche Person, sind danach Ausschüttungen und steuerpflichtige Veräußerungsgewinne aus Kapitalbeteiligungen zu 50% steuerfrei (§ 3 Ziffer 40 EStG). Aufwendungen, die im Zusammenhang mit diesen Einnahmen als Werbungskosten entstehen, sind zu 50% abzugsfähig (§ 3c Abs. 2 Satz 1 EStG). Der Werbungskostenpauschbetrag nach § 9a Satz 1 Nr. 2 EStG kann wie der Sparer-Freibetrag nach § 20 Abs. 4 EStG in voller Höhe in Anspruch genommen werden. Es durfte aber nicht zu negativen Einkünften aus Kapitalvermögen kommen.
Ist der Gesellschafter eine Kapitalgesellschaft, sind Ausschüttungen und Veräußerungsgewinne von Kapitalbeteiligungen steuerfrei (§ 8b Abs. 1. KStG). Es gilt aber ein pauschales Betriebsausgabenabzugsverbot von 5% der jeweiligen Ausschüttung bzw. des Veräußerungsgewinns. Die Kapitalgesellschaft darf sämtliche Ausgaben, die mit diesen Beteiligungen in Zusammenhang stehen, steuermindernd als Betriebsausgaben geltend machen. Dies gilt nicht für Verluste der Beteiligungen (Veräußerungsverluste oder Teilwertabschreibungen).