Das Finanzamt akzeptiert die Steuerwirkung eines Gewinnabführungsvertrages nur, wenn alle Vorgaben exakt eingehalten sind. In vielen Fällen wird die vorgeschriebene 5‑Jahres-Frist nicht eingehalten. Z. B. dann, wenn im Vertrag eine Laufzeit über 5 Wirtschaftsjahre korrekt datiert ist (hier: 1.1.2005 bis 31.12.2010). Die Organgesellschaft aber erst zu einem späteren Zeitpunkt (hier: mit Vertrag vom 9.2.2005) ordnungsgemäß ins Handelsregister eingetragen wurde (FG Düsseldorf, Urteil vom 3.3.2015, 6 K 4332/12 K, F).
Gerade bei der steuerlichen Anerkennung von Unternehmensverträgen (Gewinnabführungsverträgen) schauen die Finanzbehörden ganz genau hin. Selbst wenn der Gewinn bei der ersten Veranlagung korrekt verrechnet wird, heißt das nichts. Stellt der Betriebsprüfer bei genauerem Hinsehen Jahre später fest, dass es hier Ungenauigkeiten gibt, setzt das Finanzamt auch noch nachträglich die Änderung des Steuerbescheids durch.